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बीज प्रसंस्करण में बीज की सफाई पहला कदम है।बीजों में विभिन्न प्रकार की अशुद्धियों के कारण सफाई के लिए उचित मशीनरी का चयन करना चाहिए।विभिन्न गुणों के अनुसार, इसे ज्यामितीय आयामों के अनुसार बड़ी अशुद्धियों और छोटी अशुद्धियों में विभाजित किया जा सकता है;लंबाई के अनुसार लंबी अशुद्धियाँ और छोटी अशुद्धियाँ होती हैं;वजन के अनुसार हल्की अशुद्धियाँ और भारी अशुद्धियाँ होती हैं।भले ही वे हल्की अशुद्धियाँ हों, फिर भी उनमें वजन और घनत्व (विशिष्ट गुरुत्व) का अंतर हो सकता है।रंग का अंतर भी एक प्रकार का बीज अशुद्धता वर्गीकरण है।
अशुद्धियों के विभिन्न गुणों के कारण अलग-अलग निष्कासन विधियाँ अपनाई जाती हैं।अलग-अलग निष्कासन विधियों के लिए आवश्यक रूप से अलग-अलग तंत्र की आवश्यकता होती है।आम तौर पर निम्नलिखित सिद्धांत अपनाए जाते हैं।(1) यदि अशुद्धियाँ सामान्य बीजों की तुलना में हल्की हैं, और आकार स्पष्ट रूप से सामान्य बीजों से भिन्न है, तो एस्पिरेशन क्लीनिंग मशीन का उपयोग किया जाएगा।(2) लंबी या छोटी अशुद्धियों को हटाते समय जो स्पष्ट रूप से लंबाई और आकार में भिन्न होती हैं और वायु पृथक्करण प्रसंस्करण के बाद भी नहीं हटाई जा सकती हैं, सॉकेट-प्रकार इंडेंटेड विभाजक का उपयोग किया जाएगा। (3) वायु सफाई मशीन द्वारा संसाधित होने के बाद और सॉकेट-प्रकार की सफाई मशीन, सफाई में काफी सुधार हुआ है, और कण का आकार अपेक्षाकृत समान है, लेकिन अभी भी कुछ सूखे दाने और कीड़े-खाए हुए दाने मक्के के साथ मिल रहे हैं;गेहूँ में सूखे और सिकुड़े हुए दाने और छिलके वाले दाने;फलियों में कृमि-भक्षी और रोगग्रस्त दानों के लिए, उपरोक्त अधिकांश अशुद्धियाँ घनत्व (विशिष्ट गुरुत्व) अशुद्धियाँ हैं, जो वजन में अच्छे बीजों के समान होती हैं और जिन्हें निकालना मुश्किल होता है।इस समय, उन्हें एक विशिष्ट गुरुत्व सफाई मशीन से साफ करने की आवश्यकता होती है।